Joseph P. Bielawski - Producción científica - Universidad Latinoamericana

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2023
Successful Dietary Therapy in Paediatric Crohn's Disease is Associated with Shifts in Bacterial Dysbiosis and Inflammatory Metabotype Towards Healthy Controls
Verburgt, C. M., Dunn, K. A., Ghiboub, M., Lewis, J. D., Wine, E., Sigall Boneh, R., Gerasimidis, K., Shamir, R., Penny, S., Pinto, D. M., Cohen, A., Bjorndahl, P., Svolos, V., Bielawski, J. P., Benninga, M. A., de Jonge, W. J. & Van Limbergen, J. E., ene. 27 2023, En: Journal of Crohn's and Colitis. 17, 1, p. 61-72 12 p.
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Acceso abierto
29 Citas (Scopus)
2022
Antibiotic and antifungal use in pediatric leukemia and lymphoma patients are associated with increasing opportunistic pathogens and decreasing bacteria responsible for activities that enhance colonic defense
Dunn, K. A., MacDonald, T., Rodrigues, G. J., Forbrigger, Z., Bielawski, J. P., Langille, M. G. I., Van Limbergen, J. & Kulkarni, K., jul. 27 2022, En: Frontiers in cellular and infection microbiology. 12, 924707.
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Acceso abierto
14 Citas (Scopus)
Community-level evolutionary processes: Linking community genetics with replicator-interactor theory
Lean, C. H., Doolittle, W. F. & Bielawski, J. P., nov. 16 2022, En: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 119, 46, p. e2202538119
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Acceso abierto
2 Citas (Scopus)
Evolution of Amino Acid Propensities under Stability-Mediated Epistasis
Youssef, N., Susko, E., Roger, A. J. & Bielawski, J. P., mar. 1 2022, En: Molecular Biology and Evolution. 39, 3, msac030.
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Acceso abierto
4 Citas (Scopus)
Evolution of the connectivity and indispensability of a transferable gene: the simplicity hypothesis
Jones, C. T., Susko, E. & Bielawski, J. P., dic. 2022, En: BMC Ecology. 22, 1, 140.
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Acceso abierto
1 Cita (Scopus)
Novel Application of Survival Models for Predicting Microbial Community Transitions with Variable Selection for Environmental DNA
Bjorndahl, P., Bielawski, J. P., Liu, L., Zhou, W. & Gu, H., mar. 2022, En: Applied and Environmental Microbiology. 88, 6, e02146-21.
Medicine
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2021
Gut bacterial gene changes following pegaspargase treatment in pediatric patients with acute lymphoblastic leukemia
Dunn, K. A., Forbrigger, Z., Connors, J., Rahman, M., Cohen, A., Van Limbergen, J., Langille, M. G. I., Stadnyk, A. W., Bielawski, J. P., Penny, S. L., MacDonald, T. & Kulkarni, K., 2021, En: Leukemia and Lymphoma. 62, 13, p. 3244-3255 12 p.
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2 Citas (Scopus)
Investigating the gut microbial community and genes in children with differing levels of change in serum asparaginase activity during pegaspargase treatment for acute lymphoblastic leukemia
Dunn, K. A., Connors, J., Bielawski, J. P., Nearing, J. T., Langille, M. G. I., Van Limbergen, J., Fernandez, C. V., MacDonald, T. & Kulkarni, K., 2021, En: Leukemia and Lymphoma. 62, 4, p. 927-936 10 p.
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6 Citas (Scopus)
The role of purifying selection in the origin and maintenance of complex function
Brunet, T. D. P., Doolittle, W. F. & Bielawski, J. P., jun. 2021, En: Studies in History and Philosophy of Science Part A. 87, p. 125-135 11 p.
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17 Citas (Scopus)
2020
A Phenotype-Genotype Codon Model for Detecting Adaptive Evolution
Jones, C. T., Youssef, N., Susko, E., Bielawski, J. P. & Beaulieu, J., jul. 1 2020, En: Systematic Biology. 69, 4, p. 722-738 17 p.
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10 Citas (Scopus)
Bacterial Taxa and Functions Are Predictive of Sustained Remission following Exclusive Enteral Nutrition in Pediatric Crohn's Disease
Jones, C. M. A., Connors, J., Dunn, K. A., Bielawski, J. P., Comeau, A. M., Langille, M. G. I. & Van Limbergen, J., jun. 18 2020, En: Inflammatory Bowel Diseases. 26, 7, p. 1026-1037 12 p.
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Acceso abierto
40 Citas (Scopus)
Consequences of stability-induced epistasis for substitution rates
Youssef, N., Susko, E. & Bielawski, J. P., nov. 1 2020, En: Molecular Biology and Evolution. 37, 11, p. 3131-3148 18 p.
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Acceso abierto
6 Citas (Scopus)
Modelling Free-Living and Particle-Associated Bacterial Assemblages across the Deep and Hypoxic Lower St. Lawrence Estuary
Cui, T. T., Dawson, T. J., McLatchie, S., Dunn, K., Bielawski, J. & Walsh, D. A., may. 2020, En: mSphere. 5, 3, e00364-20.
Medicine
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Acceso abierto
5 Citas (Scopus)
The relationship between fecal bile acids and microbiome community structure in pediatric Crohn’s disease
Connors, J., Dunn, K. A., Allott, J., Bandsma, R., Rashid, M., Otley, A. R., Bielawski, J. P. & Van Limbergen, J., mar. 1 2020, En: ISME Journal. 14, 3, p. 702-713 12 p.
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61 Citas (Scopus)
2019
Crohn's Disease Exclusion Diet Plus Partial Enteral Nutrition Induces Sustained Remission in a Randomized Controlled Trial
Levine, A., Wine, E., Assa, A., Sigall Boneh, R., Shaoul, R., Kori, M., Cohen, S., Peleg, S., Shamaly, H., On, A., Millman, P., Abramas, L., Ziv-Baran, T., Grant, S., Abitbol, G., Dunn, K. A., Bielawski, J. P. & Van Limbergen, J., ago. 2019, En: Gastroenterology. 157, 2, p. 440-450.e8
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Acceso abierto
470 Citas (Scopus)
Improved inference of site-specific positive selection under a generalized parametric codon model when there are multinucleotide mutations and multiple nonsynonymous rates
Dunn, K. A., Kenney, T., Gu, H. & Bielawski, J. P., ene. 14 2019, En: BMC Evolutionary Biology. 19, 1, 22.
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Acceso abierto
8 Citas (Scopus)
ModL: Exploring and restoring regularity when testing for positive selection
Mingrone, J., Susko, E. & Bielawski, J. P., ago. 1 2019, En: Bioinformatics. 35, 15, p. 2545-2554 10 p.
Medicine
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2 Citas (Scopus)
Testing adequacy for DNA substitution models
Chen, W., Kenney, T., Bielawski, J. & Gu, H., jun. 20 2019, En: BMC Bioinformatics. 20, 1, 349.
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Acceso abierto
6 Citas (Scopus)
2018
Multi-omics differentially classify disease state and treatment outcome in pediatric Crohn's disease
Douglas, G. M., Hansen, R., Jones, C. M. A., Dunn, K. A., Comeau, A. M., Bielawski, J. P., Tayler, R., El-Omar, E. M., Russell, R. K., Hold, G. L., Langille, M. G. I. & Limbergen, J. V., 2018, En: Microbiome. 6, 1, 13.
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Acceso abierto
87 Citas (Scopus)
Phenomenological load on model parameters can lead to false biological conclusions
Jones, C. T., Youssef, N., Susko, E. & Bielawski, J. P., jun. 2018, En: Molecular Biology and Evolution. 35, 6, p. 1473-1488 16 p.
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Acceso abierto
18 Citas (Scopus)
2017
Shifting Balance on a Static Mutation-Selection Landscape: A Novel Scenario of Positive Selection
Jones, C. T., Youssef, N., Susko, E. & Bielawski, J. P., feb. 1 2017, En: Molecular Biology and Evolution. 34, 2, p. 391-407 17 p.
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Acceso abierto
22 Citas (Scopus)
2016
Early changes in microbial community structure are associated with sustained remission after nutritional treatment of pediatric Crohn's disease
Dunn, K. A., Moore-Connors, J., Macintyre, B., Stadnyk, A. W., Thomas, N. A., Noble, A., Mahdi, G., Rashid, M., Otley, A. R., Bielawski, J. P. & Van Limbergen, J., dic. 1 2016, En: Inflammatory Bowel Diseases. 22, 12, p. 2853-2862 10 p.
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Acceso abierto
80 Citas (Scopus)
Functional divergence of the nuclear receptor NR2C1 as a modulator of pluripotentiality during hominid evolution
Baker, J. L., Dunn, K. A., Mingrone, J., Wood, B. A., Karpinski, B. A., Sherwood, C. C., Wildman, D. E., Maynard, T. M. & Bielawski, J. P., jun. 2016, En: Genetics. 203, 2, p. 905-922 18 p.
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20 Citas (Scopus)
Inference of episodic changes in natural selection acting on protein coding sequences via CODEML
Bielawski, J. P., Baker, J. L. & Mingrone, J., 2016, En: Current Protocols in Bioinformatics. 2016, p. 6.15.1-6.15.32
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13 Citas (Scopus)
Smoothed Bootstrap Aggregation for Assessing Selection Pressure at Amino Acid Sites
Mingrone, J., Susko, E. & Bielawski, J., nov. 1 2016, En: Molecular Biology and Evolution. 33, 11, p. 2976-2989 14 p.
Medicine
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Acceso abierto
6 Citas (Scopus)
The Gut Microbiome of Pediatric Crohn's Disease Patients Differs from Healthy Controls in Genes That Can Influence the Balance between a Healthy and Dysregulated Immune Response
Dunn, K. A., Moore-Connors, J., Macintyre, B., Stadnyk, A., Thomas, N. A., Noble, A., Mahdi, G., Rashid, M., Otley, A. R., Bielawski, J. P. & Van Limbergen, J., oct. 11 2016, En: Inflammatory Bowel Diseases. 22, 11, p. 2607-2618 12 p.
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Acceso abierto
32 Citas (Scopus)
2015
BioMiCo: A supervised Bayesian model for inference of microbial community structure
Shafiei, M., Dunn, K. A., Boon, E., MacDonald, S. M., Walsh, D. A., Gu, H. & Bielawski, J. P., mar. 10 2015, En: Microbiome. 3, 1, 8.
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Acceso abierto
33 Citas (Scopus)
Novel Strategies for Applied Metagenomics
Moore-Connors, J. M., Dunn, K. A., Bielawski, J. P. & Van Limbergen, J., nov. 23 2015, En: Inflammatory Bowel Diseases. 22, 3, p. 709-718 10 p.
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Acceso abierto
21 Citas (Scopus)
Seasonal assemblages and short-lived blooms in coastal north-west Atlantic Ocean bacterioplankton
El-Swais, H., Dunn, K. A., Bielawski, J. P., Li, W. K. W. & Walsh, D. A., oct. 1 2015, En: Environmental Microbiology. 17, 10, p. 3642-3661 20 p.
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41 Citas (Scopus)
2014
BiomeNet: A Bayesian Model for Inference of Metabolic Divergence among Microbial Communities
Shafiei, M., Dunn, K. A., Chipman, H., Gu, H. & Bielawski, J. P., nov. 1 2014, En: PLoS Computational Biology. 10, 11
Medicine
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Acceso abierto
25 Citas (Scopus)
Molecular evolutionary characterization of a V1R subfamily unique to strepsirrhine primates
Yoder, A. D., Chan, L. M., Dos Reis, M., Larsen, P. A., Campbell, C. R., Rasoloarison, R., Barrett, M., Roos, C., Kappeler, P., Bielawski, J. & Yang, Z., 2014, En: Genome Biology and Evolution. 6, 1, p. 213-227 15 p.
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Acceso abierto
28 Citas (Scopus)
2013
Detecting the signatures of adaptive evolution in protein-coding genes
Bielawski, J. P., 2013, En: Current Protocols in Molecular Biology. SUPPL.101, p. 19.1
Medicine
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8 Citas (Scopus)
Improving Evolutionary Models for Mitochondrial Protein Data with Site-Class Specific Amino Acid Exchangeability Matrices
Dunn, K. A., Jiang, W., Field, C. & Bielawski, J. P., ene. 31 2013, En: PLoS One. 8, 1, e55816.
Medicine
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Acceso abierto
10 Citas (Scopus)
Inference of functional divergence among proteins when the evolutionary process is non-stationary
Bay, R. A. & Bielawski, J. P., abr. 2013, En: Journal of Molecular Evolution. 76, 4, p. 205-215 11 p.
Medicine
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6 Citas (Scopus)
2011
Positive darwinian selection in the piston that powers proton pumps in Complex I of the mitochondria of Pacific salmon
Garvin, M. R., Bielawski, J. P. & Gharrett, A. J., sep. 28 2011, En: PLoS One. 6, 9, e24127.
Medicine
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Acceso abierto
83 Citas (Scopus)
Recombination detection under evolutionary scenarios relevant to functional divergence
Bay, R. A. & Bielawski, J. P., dic. 2011, En: Journal of Molecular Evolution. 73, 5-6, p. 273-286 14 p.
Medicine
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31 Citas (Scopus)
2009
Reconciling ecological and genomic divergence among lineages of listeria under an "extended mosaic genome concept"
Dunn, K. A., Bielawski, J. P., Ward, T. J., Urquhart, C. & Gu, H., nov. 2009, En: Molecular Biology and Evolution. 26, 11, p. 2605-2615 11 p.
Medicine
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Acceso abierto
22 Citas (Scopus)
Trade-offs between efficiency and robustness in bacterial metabolic networks are associated with niche breadth
Morine, M. J., Gu, H., Myers, R. A. & Bielawski, J. P., may. 2009, En: Journal of Molecular Evolution. 68, 5, p. 506-515 10 p.
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10 Citas (Scopus)
2008
Likelihood-based clustering (LiBaC) for codon models, a method for grouping sites according to similarities in the underlying process of evolution
Bao, L., Gu, H., Dunn, K. A. & Bielawski, J. P., sep. 2008, En: Molecular Biology and Evolution. 25, 9, p. 1995-2007 13 p.
Medicine
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Acceso abierto
14 Citas (Scopus)
Multilocus genotyping assays for single nucleotide polymorphism-based subtyping of Listeria monocytogenes isolates
Ward, T. J., Ducey, T. F., Usgaard, T., Dunn, K. A. & Bielawski, J. P., dic. 2008, En: Applied and Environmental Microbiology. 74, 24, p. 7629-7642 14 p.
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148 Citas (Scopus)
Portal protein diversity and phage ecology
Sullivan, M. B., Coleman, M. L., Quinlivan, V., Rosenkrantz, J. E., DeFrancesco, A. S., Tan, G., Fu, R., Lee, J. A., Waterbury, J. B., Bielawski, J. P. & Chisholm, S. W., oct. 2008, En: Environmental Microbiology. 10, 10, p. 2810-2823 14 p.
Medicine
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94 Citas (Scopus)
2007
Methods for selecting fixed-effect models for heterogeneous codon evolution, with comments on their application to gene and genome data
Bao, L., Gu, H., Dunn, K. A. & Bielawski, J. P., 2007, En: BMC Evolutionary Biology. 7, SUPPL. 1, S5.
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Acceso abierto
14 Citas (Scopus)
Phylogenomic analysis of natural selection pressure in Streptococcus genomes
Anisimova, M., Bielawski, J., Dunn, K. & Yang, Z., 2007, En: BMC Evolutionary Biology. 7, 154.
Medicine
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Acceso abierto
49 Citas (Scopus)
2006
Adaptive evolution of multicolored fluorescent proteins in reef-building corals
Field, S. F., Bulina, M. Y., Kelmanson, I. V., Bielawski, J. P. & Matz, M. V., mar. 2006, En: Journal of Molecular Evolution. 62, 3, p. 332-339 8 p.
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91 Citas (Scopus)
Evolutionary rates and expression level in chlamydomonas
Popescu, C. E., Borza, T., Bielawski, J. P. & Lee, R. W., mar. 2006, En: Genetics. 172, 3, p. 1567-1576 10 p.
Medicine
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Acceso abierto
36 Citas (Scopus)
Evolutionary rate variation among vertebrate β globin genes: Implications for dating gene family duplication events
Aguileta, G., Bielawski, J. P. & Yang, Z., sep. 15 2006, En: Gene. 380, 1, p. 21-29 9 p.
Medicine
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24 Citas (Scopus)
Large-scale analyses of synonymous substitution rates can be sensitive to assumptions about the process of mutation
Aris-Brosou, S. & Bielawski, J. P., ago. 15 2006, En: Gene. 378, 1-2, p. 58-64 7 p.
Medicine
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22 Citas (Scopus)
Prevalence and evolution of core photosystem II genes in marine cyanobacterial viruses and their hosts
Sullivan, M. B., Lindell, D., Lee, J. A., Thompson, L. R., Bielawski, J. P. & Chisholm, S. W., 2006, En: PLoS Biology. 4, 8, p. 1344-1357 14 p.
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Acceso abierto
360 Citas (Scopus)
Proposed standard nomenclature for the α- and β-globin gene families
Aguileta, G., Bielawski, J. P. & Yang, Z., 2006, En: Genes and Genetic Systems. 81, 5, p. 367-371 5 p.
Medicine
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Acceso abierto
17 Citas (Scopus)
2005
Adaptive diversification of vomeronasal receptor 1 genes in rodents
Shi, P., Bielawski, J. P., Yang, H. & Zhang, Y. P., may. 2005, En: Journal of Molecular Evolution. 60, 5, p. 566-576 11 p.
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56 Citas (Scopus)

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